當(dāng)谷歌旗下Isomorphic Labs的CEO Demis Hassabis——同時(shí)也是DeepMind的掌門人——宣布推出新一代AI藥物設(shè)計(jì)引擎IsoDDE時(shí)，科學(xué)界為之震動(dòng)。這款被《自然》雜志稱為“AlphaFold 4”的系統(tǒng)，在性能上全面超越前代，卻在開源問題上引發(fā)巨大爭議：其代碼、論文與訓(xùn)練方法均未公開，徹底打破了AlphaFold系列延續(xù)的開放傳統(tǒng)。

IsoDDE的突破性能力令人驚嘆。它不再局限于預(yù)測蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，而是將結(jié)構(gòu)解析、結(jié)合強(qiáng)度計(jì)算與隱藏結(jié)合位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)等功能整合為統(tǒng)一引擎。在測試中，面對(duì)與訓(xùn)練數(shù)據(jù)相似度低于20%的全新蛋白結(jié)構(gòu)，其成功率是AlphaFold 3的兩倍多；在60個(gè)高難度案例中，17個(gè)案例中AlphaFold 3完全失敗，而IsoDDE成功解析。更驚人的是，它僅憑氨基酸序列便發(fā)現(xiàn)了科學(xué)家耗時(shí)15年才通過實(shí)驗(yàn)確認(rèn)的蛋白隱藏結(jié)合位點(diǎn)——傳統(tǒng)方法需昂貴實(shí)驗(yàn)與漫長周期，而IsoDDE僅需數(shù)秒。

哥倫比亞大學(xué)計(jì)算生物學(xué)家Mohammed AlQuraishi評(píng)價(jià)其為“AlphaFold 4級(jí)別的飛躍”，尤其震撼于其在陌生分子體系中的泛化能力：“這表明他們一定開發(fā)了前所未有的技術(shù)。”然而，這份27頁的技術(shù)報(bào)告卻對(duì)模型架構(gòu)、訓(xùn)練方法等關(guān)鍵細(xì)節(jié)只字未提，僅以“激勵(lì)其他團(tuán)隊(duì)”為由拒絕公開核心信息。Isomorphic Labs總裁Max Jaderberg的表態(tài)更引發(fā)學(xué)術(shù)界不滿：“我們沒有義務(wù)分享‘秘方’。”

這一轉(zhuǎn)變與AlphaFold的開源傳統(tǒng)形成鮮明對(duì)比。2021年，AlphaFold 2的代碼與論文免費(fèi)開放，其預(yù)測結(jié)果被190多個(gè)國家的超300萬研究者使用，徹底改變了生物學(xué)研究范式。2024年，Hassabis因AlphaFold獲諾貝爾獎(jiǎng)，諾貝爾委員會(huì)特別強(qiáng)調(diào)其“將最強(qiáng)大的科學(xué)工具免費(fèi)交付全人類”的精神。即便AlphaFold 3曾因代碼開源延遲引發(fā)爭議，最終仍向?qū)W術(shù)界開放；而IsoDDE的閉源決策，被《自然》雜志直言“科學(xué)家們只能猜測如何復(fù)現(xiàn)其成果”。

爭議背后，是AI科學(xué)工具日益集中的權(quán)力格局。Isomorphic Labs已獲6億美元融資，與禮來、諾華簽署近30億美元合作協(xié)議，內(nèi)部運(yùn)行17條藥物管線。武田制藥的Diego del Alamo指出，該公司與藥企合作積累的私有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，可能構(gòu)成IsoDDE的核心優(yōu)勢(shì)：“如果性能提升依賴數(shù)據(jù)壁壘而非算法創(chuàng)新，所謂的‘激勵(lì)’不過是姿態(tài)。”

開源陣營并未因此退縮。非營利組織Boltz的創(chuàng)始人Gabriele Corso認(rèn)為，公開數(shù)據(jù)中仍存在大量改進(jìn)空間，IsoDDE設(shè)定的性能基線“完全可以超越”；另一家公司Deep Origin更宣稱，其DODock引擎早在2025年8月便在同類測試中達(dá)到可比水平，且采用完全不同的技術(shù)路線。過去兩年，開源社區(qū)已涌現(xiàn)Boltz-1/2、Chai-1等接近或部分超越AlphaFold 3的模型，但制藥領(lǐng)域的數(shù)據(jù)壁壘遠(yuǎn)高于語言模型——后者依賴的互聯(lián)網(wǎng)文本是公共資源，而高質(zhì)量蛋白-藥物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)多掌握在藥企手中。

這場爭論遠(yuǎn)超技術(shù)范疇。AlphaFold曾被視為“AI開源推動(dòng)科學(xué)進(jìn)步”的典范，其閉源后代的出現(xiàn)，撕開了這一敘事的裂縫。當(dāng)最強(qiáng)大的科學(xué)AI工具逐漸從公共品變?yōu)樯虡I(yè)資產(chǎn)，當(dāng)突破性成果以技術(shù)報(bào)告替代同行評(píng)審論文，學(xué)術(shù)界看到的不僅是結(jié)果，更是一個(gè)可能的未來：科學(xué)共同體的絕大多數(shù)人，或許只能在圍欄外旁觀他人定義的方向。